РК МИ (in vitro)-0№024691

Тип

МИ

Дата регистрации

22.06.2022

Дата истечения

Бессрочный

Рег.номер каз

ҚР-МБ (МБ in vitro)-0№024691

Вид регистрации

Регистрация

Срок регистрации

Срок хранения

12 мес.

Торговое название

Набор реагентов для определения тропизма и выявления мутаций устойчивости вируса иммунодефицита человека (ВИЧ-1) к антиретровирусным препаратам в клиническом материале методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с последующим секвенированием продуктов амплификации «АмплиСенс® HIV-Resist-Seq»

Торговое название каз

Клиникалық материалдағы тропизмді анықтауға және антиретровирустық препараттарға адамның иммун тапшылығы вирусының (АИТВ-1) төзімділік мутацияларын амплификация өнімдерін кейіннен секвенирлеумен полимеразалық тізбекті реакция (ПТР) әдісімен анықтауға арналған «АмплиСенс® HIV-Resist-Seq» реагенттер жинағы

Назначение

Набор реагентов рассчитан на тестирование 50 клинических образцов. Набор реагентов «АмплиСенс® HIV-Resist-Seq» предназначен для выявления мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ в гене протеазы (pro), фрагменте гена обратной транскриптазы (rev) и гене интегразы (int) ВИЧ, а также для определения тропизма ВИЧ на основе анализа нуклеотидной последовательности V3-петли гена белка оболочки (env). Для выявления мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ в гене протеазы, фрагменте гена обратной транскриптазы и гене интегразы ВИЧ данный набор реагентов рекомендуется использовать, если концентрация РНК ВИЧ в плазме крови более 500 копий/мл. Возможно использование образцов с концентрацией вируса менее 500 копий/мл (от 100 до 500 копий/мл) при увеличении объема пробы для экстракции до 1 мл. В случае определения тропизма ВИЧ для анализа рекомендуется использовать: - РНК ВИЧ, выделенную из 200 мкл плазмы крови, если после определения концентрации РНК ВИЧ вирусная нагрузка образца составила более 1000 копий/мл; - ДНК ВИЧ, выделенную из цельной крови, в случае если вирусная нагрузка менее 1000 копий/мл.

Область применения

Клинико-лабораторная диагностика

Класс безопасности

Класс 3 – с высокой степенью риска

Краткая техническая характеристика

Аналитические характеристики Аналитическая чувствительность При экстракции РНК из 200 мкл плазмы крови комплектом реагентов «РИБО-золь-Е», мишень: гены протеазы, обратной транскриптазы, интегразы, белка оболочки, аналитическая чувствительность составляет 500 РНК ВИЧ-1, копий/мл. При экстракции РНК из 1000 мкл плазмы крови с предварительным ультрацентрифугированием комплектом реагентов «РИБО-золь-Е», мишень: гены протеазы, обратной транскриптазы, интегразы, белка оболочки, аналитическая чувствительность составляет 100 РНК ВИЧ-1, копий/мл. При экстракции ДНК из 250 мкл лейкоцитарного кольца, полученного из цельной крови, комплектом реагентов «РИБО-преп», мишень: ген белка оболочки, аналитическая чувствительность составляет 500 ГЭ/мл ДНК ВИЧ-1. При экстракции ДНК (из одного круга, d=12 мм) сухой капли крови комплектом реагентов «РИБО-преп», мишень: ген белка оболочки, аналитическая чувствительность составляет 5000 ГЭ/мл ДНК ВИЧ-1. Программное обеспечение «ДЕОНА» версия 1.2.3, дата выпуска 28.04.2014 (АО «РМБит», Россия) – на цифровом носителе. Программа для обработки результатов секвенирования нуклеотидных последовательностей «ДЕОНА» представляет собой программный комплекс, позволяющий на основе хроматограмм, полученных на этапе секвенирования, проводить анализ лекарственной устойчивости ВИЧ к антиретровирусным препаратам классов ингибиторов протеазы, обратной транскриптазы и интегразы, а также определять тропизм ВИЧ. Программный комплекс реализован в виде программного обеспечения (ПО) с графическим интерфейсом и набором интеллектуальных модулей. Краткое описание возможностей Основными возможностями ПО являются следующие: 1. Формирование результирующей последовательности на основе нескольких хроматограмм. 2. Анализ качества сформированной результирующей последовательности. 3. Редактирование результирующей последовательности. 4. Выявление в результирующей последовательности мутаций, ассоциированных с возникновением лекарственной устойчивости ВИЧ. 5. Определение степени чувствительности ВИЧ к антиреторовирусным препаратам методом виртуального фенотипирования через интеграцию с базой данных Стенфордского университета. 6. Пользовательский интерфейс русифицирован и адаптирован для использования в клинических лабораториях. Аналитическая специфичность Оценка аналитической специфичности набора реагентов проведена посредством добавления в реакцию геномной ДНК/РНК следующих организмов и вирусов: вирус гепатита А, вирус гепатита B, вирус гепатита C, вирус гепатита D, цитомегаловирус, вирус Эпштейна-Барр, вирус простого герпеса типы 1, 2, вирус ветряной оспы, вирус герпеса человека типы 6, 8, парвовирус В19, вирус клещевого энцефалита, вирус лихорадки западного Нила, аденовирус типы 2, 3, 7, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Homo sapiens. Перекрестные реакции для указанных организмов и вирусов зарегистрированы не были.

Краткая техническая характеристика каз

Аналитикалық сипаттамалары Аналитикалық сезімталдық 200 мкл қан плазмасынан РНҚ-ны "РИБО-золь-Е" реагенттер жиынтығымен экстракциялау кезінде Нысана: протеаза гендері, кері транскриптаза, интеграза, қабық ақуызы, аналитиқалық сезімталдық 500 АИТВ-1 РНҚ көшірме/мл құрайды. РИБО-золь-Е реагенттер жиынтығымен алдын ала ультрацентрифугирлей отырып, 1000 мкл қан плазмасынан РНҚ-ны экстракциялау кезінде нысана: протеаза гендері, кері транскриптаза, интеграза, қабық ақуызы, аналитиқалық сезімталдық 100 АИТВ-1 РНҚ көшірмелерін/мл құрайды. Жаңа алынған қаннан алынған лейкоциттік сақинаның 250 мкл ДНҚ-ны "РИБО-преп" реагенттер жиынтығымен экстракциялау кезінде нысана: қабық ақуызының гені, аналитикалық сезімталдық АИТВ-1 ДНҚ-ның 500 ГЭ/мл құрайды. ДНҚ экстракциясында (бір шеңберден, d=12 мм) қанның құрғақ тамшысы "РИБО-преп" реагенттер жиынтығымен, нысана: қабық ақуызының гені, аналитикалық сезімталдық АИТВ-1 ДНҚ-ның 5000 ГЭ/мл құрайды. "ДЕОНА" бағдарламалық жасақтамасы 1.2.3 нұсқасы, шығарылған күні 28.04.2014 ("РМБит" АҚ, Ресей) – сандық тасығышта. "ДЕОНА" нуклеотид тізбектерінің секвенирлеу нәтижелерін өңдеуге арналған бағдарлама секвенирлеу кезеңінде алынған хроматограммалар негізінде протеаза тежегіштері, кері транскриптаза және интеграза кластарының антиретровирустық препараттарына АИТВ-ның дәрілік төзімділігіне талдау жүргізуге, сондай-ақ АИТВ тропизмін анықтауға мүмкіндік беретін бағдарламалық кешен болып табылады. Бағдарламалық кешен графикалық интерфейсі және зияткерлік Модульдер жиынтығы бар бағдарламалық қамтамасыз ету (БҚ) түрінде іске асырылған. Мүмкіндіктердің қысқаша сипаттамасы БҚ негізгі мүмкіндіктері мыналар болып табылады: 1. Бірнеше хроматограммалар негізінде алынған тізбекті қалыптастыру. 2. Қалыптасқан нәтиженің сапасын талдау жүйелілік. 3. Алынған тізбекті өңдеу. 4. АИТВ-ның дәріге төзімділігінің пайда болуымен байланысты мутациялардың нәтижелік реттілігін анықтау. 5. АИТВ-ның антиреторовирусқа сезімталдық дәрежесін анықтау Стэнфорд университетінің деректер базасымен интеграция арқылы виртуалды фенотиптеу әдісімен препараттар. 6. Пайдаланушы интерфейсі орыс тілінде және клиникалық зертханаларда қолдануға бейімделген. Аналитикалық спецификалығы Реагенттер жинағының аналитикалық спецификалығын бағалау геномдық ДНҚ/РНҚ реакциясына келесі организмдер мен вирустарды қосу арқылы жүргізілді: А гепатиті вирусы, В гепатиті вирусы, C гепатиті вирусы, D гепатиті вирусы, цитомегаловирус, Эпштейн-Баррвирусы, 1-, 2-типті қарапайым герпес вирусы, желшешек вирусы, адамның 6-, 8-типті герпес вирусы, В19 парвовирусы, кене энцефалитінің вирусы, Батыс Ніл безгегі вирусы, 2-, 3-, 7-типті аденовирус, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Homo sapiens. Көрсетілген организмдер мен вирустар үшін айқаспалы реакциялар тіркелген жоқ

Признаки

Комментарий к сроку хранения

Комплекты реагентов «РИБО-золь-E», «РИБО-преп» и «Ампли-сорб», а также реагенты ГЕМОЛИТИК, раствор для лизиса, раствор для преципитации, ПКО ДНК ВИЧ-1 и ОКО хранить при температуре от 2 до 8 °С. тРНК 1 мкг/мл, калибратор HIV-Q и растворитель Q (из комплекта реагентов «РИБО-золь-Е») хранить температуре не выше минус 16 °С. Комплекты реагентов «ОТ-ПЦР-комплект-Pro/Rev», «ОТ-ПЦР-комплект-Int», «ОТ-ПЦР-комплект-Env», «ПЦР-комплект-Pro/Rev», «ПЦР-комплект-Int», «ПЦР-комплект-Env», «Комплект для подго